一个院子里的两栋房子，能分别办理房产证吗？

可以的，可以为共有人分别发放不动产权属证书，需要进行申请。但是分证是要去房管局申请，要经过土局重新测绘图纸及承重结构才可以的；房管局会进行核实是否具有两套房，具体情况还是建议去当地房管局咨询。
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办理房屋产权证的流程：1、初始登记2、填写申请表：申请表填写之后需要开发商签字盖章。3、拿会测图／表：由于测绘表是登记部门确定房产证上标注面积的重要依据，因此是必需的材料之一。4、领取相关证件：在前面询问相关部门时，一定要明确需要领取哪些必要的申请文件，一次齐全。5、缴纳公共维修金，契税：公共维修基金一般由房产所在地区的小区办收取，部分城市已经开始由银行代收公共维修基金，缴纳的方法可以询问开发商的办事人员。6、按照规定时间领取房产证：一定要保存好管理部门给的领取证书的通知书，并按照上面通知的时间领取房产证。